Su construcción data entre los años 1670 y 1700, y es  una de las primeras iglesia del departamento de Ischilin y del Norte de Córdoba, Esta iglesia se origina en las tierras donadas por la viuda de jerónimo de Luis de Cabrera, María Sanabria.

El Santuario fue edificado en las tierras donadas por la viuda de Jerónimo de Luis de Cabrera, María Sanabria, donde según la tradición oral, un indio descubrió la imagen de San Roque tallada en el tronco de un árbol. 

Sus muros ya centenarios albergan la imagen del Santo Patrono de la Villa, que cada año en Agosto, sale a recorrer las calles en su tradicional procesión, como muestra de fe de los miles de fieles que llegan desde distintos puntos del país.

Entre sus reliquias se conserva un atuendo de Fray Mamerto Esquiú, el ilustre sacerdote catamarqueño que en 1882 puso en funcionamiento la vicaría de Quilino, siendo obispo de Córdoba.

En el año 2009 la Iglesia de San Roque fue proclamada como Santuario Diocesano

En agosto de 2022, se recuperó y se puso nuevamente en funcionamiento la santería, que por muchos años estuvo cerrada al público.

Figura entre las capillas de valor histórico de nuestro territorio provincial